Voor deelname aan de eindronde van de African Cup of Nations 2006, het CAF kampioenschap voor nationale voetbalelftallen, in Egypte moesten de landen, behalve Egypte (als gastland), zich kwalificeren. Om dat de kwalificatiewedstrijden tevens golden als kwalificatiewedstrijden voor het wereldkampioenschap van 2006 moest ook het automatisch geplaatste gastland Egypte aan de kwalificatie deelnemen. Voor het eerst was de titelverdediger, Tunesië, niet automatisch geplaatst en moest zich via de kwalificatie plaatsen voor de eindronde.
Van de 51 deelnemende landen aan de kwalificatie moesten 42 landen in een voorronde met een thuis- en uitwedstrijd zich plaatsen voor de groepsfase. Hierin speelden de 21 winnaars en de negen vrijgestelde landen (Congo-Kinshasa, Egypte, Ivoorkust, Kameroen, Marokko, Nigeria, Senegal, Tunesië en Zuid-Afrika; de vijf Afrikaanse deelnemers aan het WK 2002 plus de vier hoogst gerangschikte Afrikaanse teams op de FIFA-wereldranglijst.) in vijf groepen van zes landen, waarvan de top drie zich plaatste voor de eindronde van de Afrika Cup (de vijf groepswinnaars plaatsten zich voor het WK); In de groep met Egypte plaatste ook de nummer vier zich omdat het automatische geplaatste Egypte als derde eindigde in zijn groep.
| 10-10-03 Bissau |
Guinee-Bissau |
1-2, 0-2 |
Mali |
14-11-03 Bamako |
| 11-10-03 Antananarivo |
Madagaskar |
1-1, 2-3 |
Benin |
16-11-03 Cotonou |
| 11-10-03 Victoria |
Seychellen |
0-4, 1-1 |
Zambia |
15-11-03 Lusaka |
| 11-10-03 Gaborone |
Botswana |
4-1, 0-0 |
Lesotho |
16-11-03 Maseru |
| 11-10-03 Bata |
Equatoriaal-Guinea |
1-0, 0-2 |
Togo |
16-11-03 Lomé |
| 11-10-03 Sao Tomé |
Sao Tomé en Principe |
0-1, 0-8 |
Libië |
16-11-03 Benghazi |
| 11-10-03 Dar es Salaam |
Tanzania |
0-0, 0-3 |
Kenia |
15-11-03 Nairobi |
| 11-10-03 Niamey |
Niger |
0-1, 0-6 |
Algerije |
14-11-03 Algiers |
| 12-10-03 Harare |
Zimbabwe |
3-0, 1-2 |
Mauritanië |
14-11-03 Nouakchott |
| 12-10-03 Mbabane |
Swaziland |
1-1, 0-3 |
Kaapverdië |
16-11-03 Praia |
| 12-10-03 Bujumbura |
Burundi |
0-0, 1-4 |
Gabon |
15-11-03 Libreville |
| 12-10-03 Ndjamena |
Tsjaad |
3-1, 0-2 |
Angola |
16-11-03 Luanda |
| 12-10-03 Brazzaville |
Congo-Brazzaville |
1-0, 0-0 |
Sierra Leone |
16-11-03 Freetown |
| 12-10-03 Addis Abeba |
Ethiopië |
1-3, 0-0 |
Malawi |
15-11-03 Lilongwe |
| 12-10-03 Kigali |
Rwanda |
3-0, 1-1 |
Namibië |
15-11-03 Windhoek |
| 12-10-03 Conakry |
Guinee |
1-0, 4-3 |
Mozambique |
16-11-03 Maputo |
| 12-10-03 Bakau |
Gambia |
2-0, 0-3 |
Liberia |
16-11-03 Monrovia |
| 12-10-03 Khartoem |
Soedan |
3-0, 0-0 |
Eritrea |
16-11-03 Asmara |
| 16-10-03 Kampala |
Oeganda |
3-0, 1-3 |
Mauritius |
16-11-03 Curepipe |
| 16-11-03 Accra (Ghana) |
Somalië |
0-5, 0-2 |
Ghana |
19-11-03 Kumasi |
|
Burkina Faso |
niet gespeeld |
Centraal-Afrikaanse Republiek * |
* trok zich terug |
| 05-06-04 |
Dakar |
Senegal |
2-0, 0-0 |
Congo-Brazzaville |
05-05-05 Brazzaville |
| 05-06-04 |
Lusaka |
Zambia |
1-0, 1-4 |
Togo |
05-06-05 Lomé |
| 05-06-04 |
Monrovia |
Liberia |
1-0, 1-4 |
Mali |
05-06-05 Ségou |
| 19-06-04 |
Bamako |
Mali |
1-1, 1-2 |
Zambia |
18-06-05 Chililabombwe |
| 20-06-04 |
Lomé |
Togo |
3-1, 2-2 |
Senegal |
18-06-05 Dakar |
| 20-06-04 |
Brazzaville |
Congo-Brazzaville |
3-0, 2-0 |
Liberia |
19-06-05 Paynesville |
| 03-07-04 |
Dakar |
Senegal |
1-0, 1-0 |
Zambia |
03-09-05 Chililabombwe |
| 04-07-04 |
Monrovia |
Liberia |
0-0, 0-3 |
Togo |
04-09-05 Lomé |
| 04-07-04 |
Brazzaville |
Congo-Brazzaville |
1-0, 0-2 |
Mali |
03-09-05 Lomé |
| 04-09-04 |
Lusaka |
Zambia |
1-0, 5-0 |
Liberia |
01-10-05 Monrovia |
| 05-09-04 |
Bamako |
Mali |
2-2, 0-3 |
Senegal |
08-10-05 Dakar |
| 05-09-04 |
Lomé |
Togo |
2-0, 3-2 |
Congo-Brazzaville |
08-10-05 Brazzaville |
| 10-10-04 |
Monrovia |
Liberia |
0-3, 1-6 |
Senegal |
26-03-05 Dakar |
| 10-10-04 |
Brazzaville |
Congo-Brazzaville |
2-3, 0-2 |
Zambia |
26-03-05 Chililabombwe |
| 10-10-04 |
Lomé |
Togo |
1-0, 2-1 |
Mali |
26-03-05 Bamako |
| 05-06-04 |
Bloemfontein |
Zuid-Afrika |
2-1, 2-1 |
Kaapverdië |
04-06-05 Praia |
| 05-06-04 |
Ouagadougou |
Burkina Faso |
1-0, 1-2 |
Ghana |
05-06-05 Kumasi |
| 06-06-04 |
Kampala |
Oeganda |
1-0, 0-4 |
Congo-Kinshasa |
05-06-05 Kinshasa |
| 19-06-04 |
Praia |
Kaapverdië |
1-0, 0-1 |
Oeganda |
18-06-05 Kampala |
| 20-06-04 |
Kumasi |
Ghana |
3-0, 2-0 |
Zuid-Afrika |
18-06-05 Johannesburg |
| 20-06-04 |
Kinshasa |
Congo-Kinshasa |
3-2, 0-2 |
Burkina Faso |
18-06-05 Ouagadougou |
| 03-07-04 |
Johannesburg |
Zuid-Afrika |
2-0, 1-3 |
Burkina Faso |
03-09-05 Ouagadougou |
| 03-07-04 |
Praia |
Kaapverdië |
1-1, 1-2 |
Congo-Kinshasa |
04-09-05 Kinshasa |
| 03-07-04 |
Kampala |
Oeganda |
1-1, 0-2 |
Ghana |
04-09-05 Kumasi |
| 04-09-04 |
Ouagadougou |
Burkina Faso |
2-0, 2-2 |
Oeganda |
08-10-05 Kampala |
| 05-09-04 |
Kinshasa |
Congo-Kinshasa |
1-0, 2-2 |
Zuid-Afrika |
08-10-05 Durban |
| 05-09-04 |
Kumasi |
Ghana |
2-0, 4-0 |
Kaapverdië |
08-10-05 Praia |
| 09-10-04 |
Praia |
Kaapverdië |
1-0, 2-1 |
Burkina Faso |
26-03-05 Ouagadougou |
| 10-10-04 |
Kampala |
Oeganda |
0-1, 1-2 |
Zuid-Afrika |
26-03-05 Johannesburg |
| 10-10-04 |
Kumasi |
Ghana |
0-0, 1-1 |
Congo-Kinshasa |
26-03-05 Kinshasa |
| 06-06-04 |
Khartoem |
Soedan |
0-3, 1-6 |
Egypte |
05-06-05 Caïro |
| 06-06-04 |
Abidjan |
Ivoorkust |
2-0, 0-0 |
Libië |
04-06-05 Tripoli |
| 06-06-04 |
Yaoundé |
Kameroen |
2-1, 4-1 |
Benin |
04-06-05 Cotonou |
| 18-06-04 |
Misratah |
Libië |
0-0, 0-1 |
Kameroen |
19-06-05 Yaoundé |
| 20-06-04 |
Alexandrië |
Egypte |
1-2, 0-2 |
Ivoorkust |
19-06-05 Abidjan |
| 20-06-04 |
Cotonou |
Benin |
1-1, 0-1 |
Soedan |
17-08-05 Omdurman |
| 03-07-04 |
Khartoem |
Soedan |
0-1, 0-0 |
Libië |
02-09-05 Tripoli |
| 04-07-04 |
Yaoundé |
Kameroen |
2-0, 3-2 |
Ivoorkust |
02-09-05 Abidjan |
| 04-07-04 |
Cotonou |
Benin |
3-3, 1-4 |
Egypte |
02-09-05 Caïro |
| 03-09-04 |
Tripoli |
Libië |
4-1, 0-1 |
Benin |
08-10-05 Cotonou |
| 05-09-04 |
Abidjan |
Ivoorkust |
5-0, 3-1 |
Soedan |
08-10-05 Omdurman |
| 05-09-04 |
Caïro |
Egypte |
3-2, 1-1 |
Kameroen |
08-10-05 Yaoundé |
| 08-10-04 |
Tripoli |
Libië |
2-1, 1-4 |
Egypte |
27-03-05 Caïro |
| 09-10-04 |
Omdurman |
Soedan |
1-1, 1-2 |
Kameroen |
27-03-05 Yaoundé |
| 10-10-04 |
Cotonou |
Benin |
0-1, 0-3 |
Ivoorkust |
27-03-05 Abidjan |
| 05-06-04 |
Port Harcourt |
Nigeria |
2-0, 1-1 |
Rwanda |
05-06-05 Kigali |
| 05-06-04 |
Libreville |
Gabon |
1-1, 0-1 |
Zimbabwe |
05-06-05 Harare |
| 05-06-04 |
Annaba |
Algerije |
0-0, 1-2 |
Angola |
05-06-05 Luanda |
| 19-06-04 |
Kigali |
Rwanda |
3-1, 0-3 |
Gabon |
18-06-05 Libreville |
| 20-06-04 |
Harare |
Zimbabwe |
1-1, 2-2 |
Algerije |
19-06-05 Oran |
| 20-06-04 |
Luanda |
Angola |
1-0, 1-1 |
Nigeria |
18-06-05 Kano |
| 03-07-04 |
Libreville |
Gabon |
2-2, 0-3 |
Angola |
04-09-05 Luanda |
| 03-07-04 |
Kigali |
Rwanda |
0-2, 1-3 |
Zimbabwe |
04-09-05 Harare |
| 03-07-04 |
Abuja |
Nigeria |
1-0, 5-2 |
Algerije |
04-09-05 Oran |
| 05-09-04 |
Harare |
Zimbabwe |
0-3, 1-5 |
Nigeria |
08-10-05 Abuja |
| 05-09-04 |
Luanda |
Angola |
1-0, 1-0 |
Rwanda |
08-10-05 Kigali |
| 05-09-04 |
Annaba |
Algerije |
0-3, 0-0 |
Gabon |
08-10-05 Port-Gentil |
| 09-10-04 |
Libreville |
Gabon |
1-1, 0-2 |
Nigeria |
26-03-05 Port Harcourt |
| 09-10-04 |
Kigali |
Rwanda |
1-1, 0-1 |
Algerije |
27-03-05 Oran |
| 10-10-04 |
Luanda |
Angola |
1-0, 0-2 |
Zimbabwe |
27-03-05 Harare |
| 05-06-04 |
Blantyre |
Malawi |
1-1, 1-4 |
Marokko |
04-06-05 Rabat |
| 05-06-04 |
Tunis |
Tunesië |
4-1, 3-1 |
Botswana |
04-06-05 Gaborone |
| 19-06-04 |
Gaborone |
Botswana |
2-0, 3-1 |
Malawi |
18-06-05 Blantyre |
| 20-06-04 |
Conakry |
Guinee |
2-1, 0-2 |
Tunesië |
11-06-05 Tunis |
| 03-07-04 |
Gaborone |
Botswana |
0-1, 0-1 |
Marokko |
03-09-05 Rabat |
| 03-07-04 |
Lilongwe |
Malawi |
1-1, 1-3 |
Guinee |
04-09-05 Conakry |
| 04-09-04 |
Nairobi |
Kenia |
3-2, 0-3 |
Malawi |
08-10-05 Blantyre |
| 04-09-04 |
Rabat |
Marokko |
1-1, 2-2 |
Tunesië |
08-10-05 Tunis |
| 05-09-04 |
Conakry |
Guinee |
4-0, 2-1 |
Botswana |
08-10-05 Gaborone |
| 09-10-04 |
Blantyre |
Malawi |
2-2, 0-7 |
Tunesië |
26-03-05 Tunis |
| 09-10-04 |
Gaborone |
Botswana |
2-1, 0-1 |
Kenia |
26-03-05 Nairobi |
| 10-09-04 |
Conakry |
Guinee |
1-1, 0-1 |
Marokko |
26-03-05 Rabat |
| 17-11-04 |
Nairobi |
Kenia |
2-1, 0-1 |
Guinee |
05-06-05 Conakry |
| 09-02-05 |
Rabat |
Marokko |
5-1, 0-0 |
Kenia |
18-06-05 Nairobi |
| 17-08-05 |
Tunis |
Tunesië |
1-0, 2-0 |
Kenia |
03-09-05 Nairobi |