De clip van Basket Case is geregisseerd door Mark Kohr. De videoclip speelt zich af in een psychiatrisch ziekenhuis waar Billie Joe Armstrong, Mike Dirnt en Tré Cool in terecht zijn gekomen. Armstrong begint op zijn gitaar te spelen. Mike Dirnt speelt vervolgens basgitaar terwijl hij op een brancard ligt. Tré Cool zit in een rolstoel speelt tegelijkertijd drums.