Charles Aubry behaalde in 1822 zijn diploma in de rechten. Van 1830 tot 1832 was hij docent en vervolgens van 1833 tot 1872 hoogleraar burgerlijk recht aan de Universiteit van Straatsburg. Van 1854 tot 1870 was hij er decaan van de rechtsfaculteit. Samen met Charles-Frédéric Rau was hij co-auteur van de Cours de droit civil, vertaald uit het Duits naar Karl Salomo Zachariae.