Op 27 september 2008 leidde Aytekin zijn eerste wedstrijd in de Duitse nationale competitie. Tijdens het duel tussen Hertha BSC en Energie Cottbus (0–1 voor de bezoekers) trok de leidsman viermaal de gele kaart.[2] In Europees verband debuteerde hij tijdens een wedstrijd tussen RNK Split en NK Domžale in de voorronde van de UEFA Europa League; het eindigde in 3–1 voor Split en Aytekin trok viermaal een gele kaart.[3] Zijn eerste interland floot hij op 11 september 2012, toen Bosnië en Herzegovina met 4–1 won van Letland. Tijdens dit duel deelde Aytekin twee gele kaarten uit.[4] Een EK-kwalificatiewedstrijd in maart 2015 tussen Montenegro en Rusland werd gestaakt door Aytekin, nadat hij het spel tweemaal stil had moeten leggen. De Russische doelman Igor Akinfejev werd in de eerste minuut geraakt door een vuurpijl; vervolgens ontstond na een uur speeltijd onrust op de tribunes na een door Roman Sjirokov gemiste strafschop.[5]
Duitsland
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
.svg){kind=small}
