Ethidiumbromide

Uit Wikipedia, de vrije encyclopedie
Ga naar: navigatie, zoeken
Ethidiumbromide
Structuurformule en molecuulmodel
Structuurformule van ethidiumbromide
Structuurformule van ethidiumbromide
Absorptiespectrum van ethidiumbromide
Absorptiespectrum van ethidiumbromide
Algemeen
Molecuulformule
     (uitleg)
C21H20BrN3
IUPAC-naam 3,8-diamino-5-ethyl-6-fenylfenanthridiniumbromide
Molmassa 394,3076 g/mol
SMILES
CC[N+]1=C2C=C(C=CC2=C3C=CC(=CC3=C1C4=CC=CC=C4)N)N.[Br-]
InChI
1S/C21H19N3.BrH/c1-2-24-20-13-16(23)9-11-18(20)17-10-8-15(22)12-19(17)21(24)14-6-4-3-5-7-14;/h3-13,23H,2,22H2,1H3;1H
CAS-nummer 1239-45-8
EG-nummer 214-984-6
PubChem 14710
Waarschuwingen en veiligheidsmaatregelen
Toxisch Schadelijk voor de gezondheid
Gevaar
H-zinnen H302 - H330 - H341
EUH-zinnen geen
P-zinnen P260 - P281 - P284 - P310
Carcinogeen ja
EG-Index-nummer 612-278-00-6
VN-nummer 2810
LD50 (ratten) (peroraal) 1503 mg/kg
LD50 (muizen) (subcutaan) 110 mg/kg
Fysische eigenschappen
Aggregatietoestand vast
Kleur rood
Smeltpunt 260 - 262 °C
Oplosbaarheid in water 40 g/L
Goed oplosbaar in water
Waar mogelijk zijn SI-eenheden gebruikt. Tenzij anders vermeld zijn standaardomstandigheden gebruikt (298,15 K of 25 °C, 1 bar).
Portaal  Portaalicoon   Scheikunde

Ethidiumbromide is een organische verbinding met als brutoformule C21H20BrN3. De stof komt voor als een rode vaste stof, die goed oplosbaar is in water. Het is een fenantridine-kleurstof, die gebruikt wordt om nucleïnezuren, DNA, RNA aan te tonen. Ethidiumbromide is het ethylderivaat van het homologe dimidiumbromide.

Eigenschappen en toepassingen[bewerken]

Ethidiumbromide wordt vaak gebruikt bij de gelelektroforese, in combinatie met een UV-lamp, omdat het dan zichtbaar wordt. De verbinding intercaleert met het DNA of RNA: door diens vlakke structuur is het mogelijk om tussen de nucleobasen te schuiven en op deze manier het DNA of RNA te markeren. Onder UV-licht kan dit zichtbaar gemaakt worden, omdat ethidiumbromide twee sterke absorpties vertoont in het UV-gebied, namelijk bij een golflengte van 210 en 285 nm, met een extinctiecoëfficiënt van respectievelijk 40.000 en 50.000 M-1cm-1.[1] Door de intercalatie neemt de intensiteit van de fluorescentie-emissie met een factor 50 tot 100 toe. Op deze wijze lichten bij gelelektroforese met agarosegel de moleculaire gedeelten met nucleïnezuren onder UV-licht oranje-rood op, terwijl de gedeelten zonder nucleïnezuren niet oplichten. De gebruikte concentratie ethidiumbromide in agarosegel varieert tussen 0,1 en 0,5 µg/mL.

Ethidiumbromide inhibiteert reeds bij lage concentraties (0,1 tot 2 µg/mL) de replicatie van mitochondriaal DNA in eukaryoten.

Toxicologie en veiligheid[bewerken]

Ethidiumbromide is een zeer toxische en mutagene verbinding. De stof kan worden opgenomen door inademing van stofdeeltjes, na inslikken of door absorptie door de huid. Ethidiumbromide werkt irriterend op ogen, mond en bovenste luchtwegen en kan schade toebrengen aan het erfelijke materiaal. Het gebruik ervan is sterk gereglementeerd en mag enkel geschieden door ervaren personen. Het mag nooit gebruikt worden in agarosegel met een temperatuur hoger dan 50°C, omdat hierbij zeer giftige dampen kunnen ontstaan. In de meeste biochemische laboratoria wordt meestal een aparte ruimte voorzien voor het werken met ethidiumbromide.

Als alternatief kan SYBR Green I als kleurstof gebruikt worden.

Externe links[bewerken]

Bronnen, noten en/of referenties
  1. (en) B. Hudson & R. Jacobs (1975) - The ultraviolet transitions of the ethidium cation, Biopolymers. 14 (6), pp. 1309-1312