Houwerzijl (Gronings: Houwerziel) is een plaats in de gemeente De Marne in de Nederlandse provincie Groningen. Het dorp telt ruim 250 inwoners.
Het dorp is gegroeid rond de (niet meer bestaande) zijl. Deze spuisluis was gelegen in de Houwerzijlstervaart. De zijl is in onbruik geraakt toen de buitengeul naar het Reitdiep onder invloed van eb en vloed verzandde en men besloot het gebied van het bijbehorende zijlvest aan te sluiten op de sluis van Schouwerzijl.
Het dorp hoorde kerkelijk bij (het verdwenen) Vliedorp. Dit is ook de reden dat het oorspronkelijke kerkhof zo'n 2 km buiten het dorp lag. Als het pad naar Vliedorp door overvloedige regenval slecht begaanbaar was, dan voer men per boot over de Houwerzijlstervaart naar het kerkhof. Later behoorde het dorp kerkelijk bij Niekerk. Het kerkpad naar dit dorp is nog aanwezig.
De naam is waarschijnlijk afgeleid van hove, dus hoeve of boerderij. Net als trouwens de wierde De Houw bij Ulrum. De naam is dus niet, zoals veel wordt gedacht, afgeleid van die van deze wierde. De afstand is overigens te groot om dit plausibel te maken.
Silhouet van het dorp vanuit het oosten
Groningen
De Marne
