Brunner kwam in totaal 36 keer uit voor het Zwitsers nationaal elftal[2]. Hij maakte zijn debuut op 9 april1986 in het vriendschappelijke duel in Bazel tegen West-Duitsland (0-1). Zijn laatste interland speelde hij op 28 april1999 in Athene tegen Griekenland (1-1). In dat oefenduel moest hij na rust plaatsmaken voor Stefan Huber. Brunner maakte deel uit van de Zwitserse selectie bij het WK voetbal 1994, maar kwam niet in actie tijdens dat toernooi.
.svg){kind=small}
Grasshopper-Club Zürich