Boquete debuteerde in februari 2005 in het Spaanse nationaal elftal in een oefenwedstrijd tegen Nederland. Ze behoorde tot de Spaanse selectie voor het EK 2013 en het WK 2015 in Canada. Boquete was aanvoerder op laatstgenoemde toernooi en ze startte in alle drie de wedstrijden van Spanje in de basis. In de derde groepswedstrijd, tegen Zuid-Korea (1–2), maakte Boquete het enige Spaanse doelpunt. In 2017 won ze met Spanje de Algarve Cup.