Danilo is afkomstig uit de jeugdacademie van Vasco da Gama. Hiervoor debuteerde hij op 19 april 2014 in het eerste elftal, tijdens een wedstrijd in de Braziliaanse Série B tegen Atlético Mineiro.[2] Vasco da Gama verkocht Danilo in juli 2014 voor 4,5 miljoen euro verkocht aan SC Braga.[3] Hiervoor maakte hij op 20 september 2014 zijn debuut, tijdens een wedstrijd in de Primeira Liga tegen CD Nacional. Braga verhuurde Danilo in juli 2015 voor een jaar aan Valencia en in juli 2016 voor een jaar aan Benfica.