In 2006 werd Fujiwara zesde in de halve marathon van Kagawa-Marugame. In datzelfde jaar debuteerde hij ook op de marathon met een 85e plaats in 2:38.37 bij de Lake Biwa Marathon.
Fujiwara's opvallendste prestatie was zijn tweede plaats op de marathon van Tokio in 2008. In een tijd van 2:08.40 finishte hij achter de ZwitserViktor Röthlin, die de wedstrijd won in 2:07.23. Aan het eind van dat jaar deed hij opnieuw van zich spreken door in 2:09.47 derde te worden op de marathon van Fukuoka achter de EthiopiërTsegay Kebede, winnaar in 2:06.10, en zijn landgenoot Satoshi Irifune, die tweede werd in 2:09.23.
In 2012 nam hij deel aan de Olympische Spelen van 2012 in Londen. Hij kwam uit op de marathon en behaalde met 2:19.11 een 54e plaats. In de marathon van Fukuoka later dat jaar finishte hij als vierde in 2:09.31.