Agnihotri had als kind een rolletje in Pasand Apni Apni (1983), waarin zijn nicht Rati Agnihotri een van de hoofdrolspelers was. Geïnspireerd door haar succes en door de herinnering aan de korte periode van zijn vader Rohit Agnihotri als acteur, maakte hij zijn acteerdebuut als volwassene met Sir (1993), dat een commercieel succes werd. Hij speelde vervolgens in verschillende andere films in de jaren negentig en begin 2000, met als meest opmerkelijke hits Krantiveer (1994), Naaraz (1994), Aatish (1994), Yeshwant (1997) en Hum Tumhare Hain Sanam (2002). Omdat Agnihotri voornamelijk bij- en ondersteunende rollen aangeboden kreeg stopte Agnihotri met acteren en richtte hij zich op filmregie. Hij maakte zijn regiedebuut met de film Dil Ne Jise Apna Kahaa (2004), met zijn zwager Salman Khan in de hoofdrol. Voor zijn tweede film, Hello (2008), was hij niet alleen de regisseur maar ook de producent. In de film speelden niet alleen zijn zwagers Salman Khan, Arbaaz Khan en Sohail Khan mee maar had zijn dochter Alizeh Agnihotri ook een rolletje als kind. In 2023 produceerde hij de film Farrey waarin zijn dochter haar acteerdebuut maakte.