Chromatine-immunoprecipitatie

Uit Wikipedia, de vrije encyclopedie
Ga naar: navigatie, zoeken

Chromatine-immunoprecipitatie (afgekort ChIP) is een methode uit de moleculaire biologie om interacties van eiwitten met kernmateriaal (DNA; chromatine) na te gaan. Zo kunnen (DNA-bindende) transcriptiefactoren opgespoord worden.

Protocol[bewerken]

  • Permanent vasthechten van de eiwitten (transcriptiefactoren) door een zachte fixatie met formaldehyde
  • DNA-extractie uit de cel
  • In stukjes knippen van DNA-strengen door middel van sonicatie
  • Verwijderen van aspecifieke bindingen met behulp van proteine A agarose parels
  • Specifieke antilichaam-binding
  • Precipitatie van deze DNA-eiwit-antilichaam-complexen met proteine A agarose parels
  • Afgieten supernatant (met DNA dat niet aan het geselecteerde eiwit bindt)
  • Wassen van de parels
  • elutie van het DNA
  • Scheiding van DNA en gebonden eiwit
  • Zo bekomt men een verzameling (korte) DNA-fragmenten waarvan men weet dat ze interageren met de transcriptiefactor.
  • Vervolgens kunnen deze fragmenten verder onderzocht worden
    • met een klassieke PCR (goedkoper)
    • met een DNA-microarray (ChIP on chip) (duurder maar miljoenen sequenties tegelijkertijd)