Akhtar maakte al een start van zijn carrière in de filmwereld op zeventien jarige leeftijd als assistent cameraman voor de film Lamhe. In 1995 werkte hij als regie assistent voor de televisieserie Sorry Meri Lorry daarop volgend voor de film Himalay Putra voor hij zijn debuut als regisseur maakte met de veel geprezen film Dil Chahta Hai in 2001, de film werd geproduceerd door Excel Entertainment waar hij mede eigenaar van is. Inspiratie voor het schrijven van de script haalde hij uit de trips die hij zelf had gemaakt naar Goa en New York.
In 2008 maakte Akhtar zijn debuut als acteur en zanger in Rock On!! waarvan hij de script ook zelf geschreven had.
Akhtar is de zoon van scenarioschrijvers Javed Akhtar en Honey Irani. Zijn zus is scenarioschrijver - filmregisseur Zoya Akhtar. Zijn ouders waren vroegtijdig gescheiden en hertrouwde zijn vader in 1984 met actrice Shabana Azmi.