De voorloper van het gouvernement ontstond na de Vrede van Boekarest waar het Ottomaanse Bessarabië in 1812 onderdeel werd van het Russische Rijk. Het gebied kwam grotendeels overeen met de Ottomaanse vazalstaat Moldavië en was tot 1873 een oblast tot de gouverneur-generaal van Nieuw-Rusland het gebied de status van gouvernement gaf. Na de Krimoorlog moest Rusland in 1856 de steden Cahul, Bolgrad en Ismail aan de Donau-monding aan het Ottomaanse Rijk teruggeven. Deze gebieden werden door de Russen na de Russisch-Ottomaanse Oorlog van 1878 heroverd.
De andere gebieden die onderdeel waren van het gouvernement-generaal Nieuw-Rusland werden als gebieden voor kolonisatie bestemd waar naast de Roemeenstalige autochtonen Russen, Oekraïners en Gagaoezen, maar ook Duitstaligen (Bessarabië-Duitsers) en Bulgaren kwamen te wonen. Zij werden in eigen dorpen gehuisvest. Net als in alle andere geannexeerde gebieden in het tsaristische rijk werd ook hier na het midden van de 19e eeuw een politiek van Russificering ingezet. Hierdoor werd de politieke macht van de Moldavische Bojaren in 1828 tijdens een bijeenkomst van hun vertegenwoordigers beperkt waardoor de Bojaarse adel met de Russische adel geassimileerd werd.
