Jevhen Makarenko werd in Kiev geboren en startte zijn carrière bij Dynamo Kiev. Aanvankelijk kwam hij vooral voor het tweede elftal uit en in 2012 werd hij voor een seizoen uitgeleend aan Hoverla Oezjhorod. In 2017 tekende hij een contract voor twee seizoenen bij KV Kortrijk. In april 2018 raakte bekend dat hij na het seizoen 2017/18 de overstap maakt naar RSC Anderlecht.[1] Bij de Brusselse club tekende hij een contract voor vier seizoenen. In augustus 2021 vertrok hij naar het Hongaarse MOL Fehérvár.