Bayern II promoveerde naar de 3. Liga. Zodoende debuteerde Zirkzee in het seizoen 2019/20 in het betaald voetbal, in een met 3–1 verloren uitwedstrijd tegen FC Würzburger Kickers. Hij debuteerde op 11 december 2019 door middel van een invalbeurt in het eerste elftal, tijdens een wedstrijd in de UEFA Champions League tegen Tottenham Hotspur. Zirkzee speelde in deze wedstrijd vier minuten. Een week later maakte hij middels een invalbeurt tegen SC Freiburg zijn debuut in de Bundesliga. Hij scoorde meteen met zijn eerste balcontact.[4] Drie dagen later scoorde hij opnieuw vlak nadat hij in het veld kwam, nu in een competitiewedstrijd tegen VfL Wolfsburg. Op 29 februari 2020 maakte Zirkzee zijn basisdebuut en was hij in de 15e minuut trefzeker.
Seizoen 2020/21 verloopt moeizamer voor Zirkzee. Hij komt niet vaak in actie en zijn club is niet te spreken over de mentaliteit en instelling van de spits.[5]
Op 1 februari 2021 tekende Zirkzee op huurbasis een halfjarig contract bij Parma Calcio.[6] Aldaar kreeg Zirkzee niet veel speeltijd en raakte hij zwaar geblesseerd aan zijn knie.[7]