Aan het toernooi namen de clubs in de landelijke zaterdag- en zondagcompetities, de Topklasse en Hoofdklasse, deel in hun eigen district. In de landelijke eindfase streden de zes district bekerwinnaars in twee kwartfinale wedstrijden (hierin waren twee clubs vrijgesteld), twee halve finale wedstrijden en de finale om de amateurbeker.
De titelverdediger was RKSV Leonidas dat in het seizoen 2011/12 in de finale met 2-0 van FC Chabab won. Dit seizoen werden ze uitgeschakeld in de tweede ronde van het district West II door HBS (2-3).
In elk district werd er begonnen in een poule van vier clubs. De winnaar en de nummer twee gingen door naar de knock-outfase. Daarna werden in sommige districten tussenrondes gespeeld om het aantal clubs terug te brengen naar een macht van twee, om knock-outrondes te kunnen spelen (bijvoorbeeld 64 of 128). In andere districten werden enkele clubs vrijgeloot en gingen zo automatisch door naar de derde ronde.
Vanwege het grote aantal clubs in het westen en zuiden van Nederland, zijn er in beide regio's twee districten. Daardoor zijn er zes districten: Noord, Oost, West I, West II, Zuid I en Zuid II.
· 
· 