In 1999 startte González zijn professionele voetbalcarrière bij het Chileense Club Universidad de Chile, waar hij op 14-jarige leeftijd begon in de jeugdopleiding. Hij werd geen vaste kracht in het elftal, met 54 wedstrijden over vier seizoenen. Zowel in 1999 als in 2000 won hij met Universidad de Primera División. In 2002 werd hij uitgeleend aan CSD Rangers, waar een unieke prestatie bereikt werd door de tweede plaats veilig te stellen. In 2004 tekende hij een contract bij het Argentijnse CA Colón, speelde dertienmaal en vertrok na afloop van het seizoen in de winter transfervrij naar CD Palestino.[1] Hij was in 2005 basisspeler bij Palestino en scoorde direct bij zijn eerste wedstrijd op 21 januari tegen zijn voormalige werkgever Rangers.[4] González werd inmiddels door het publiek Lobo del Aire ("Wolf van de lucht") genoemd. Op 11 januari2006 verhuisde hij naar de Verenigde Staten, waar hij een contract sloot bij Columbus Crew. De coach, Sigi Schmid, zei dat hij in González een speler gevonden had die naast zijn gewone taken ook in staat zou zijn de jonge Chad Marshall te begeleiden in zijn ontwikkeling.[5] Hij speelde twee jaar lang bij Columbus, waarna hij overstapte naar CD Universidad Católica in Chili, de club die voor de transfer naar Columbus Crew al aangegeven had verregaande interesse te hebben in de Chileen.[5] Hij tekende een vierjarig contract en werkte zich op naar het basiselftal. In 2010 raakte hij geblesseerd en was hij drie maanden niet beschikbaar, maar na zijn terugkomst maakte hij al snel een doelpunt in de Apertura. Op 16 februari 2011 keerde González terug bij de door studenten opgerichte club uit Santiago, ter vervanging van de Uruguayaan Mauricio Victorino.[6] Hij debuteerde op 27 februari tegen Universidad de Concepción. Op 8 december 2011 won González met Universidad de finale van de Copa Sudamericana en speelde de volledige wedstrijd.[7] Op 30 december speelde hij zijn laatste wedstrijd in dienst van de Chileense club.
Het Braziliaanse CR Flamengo maakte op 24 januari 2012 de transfer van González bekend en het daarbij ondertekende driejarig contract.[8] In maart 2012 speelde Marcos González zijn eerste wedstrijd in dienst van de club. Op 28 november won hij de Copa do Brasil. In de 86e minuut verving hij Leonardo da Silva Moura in de finale, die met 2–0 gewonnen werd van Atlético Paranaense. Bij Flamengo speelde González 45 wedstrijden in de Braziliaanse Serie A, waarna hij in het voorjaar van 2014 weer in Chili een contract tekende, bij Unión Española. Bij de Chileense club kwam González in 31 competitiewedstrijden in actie. In juli 2015 maakte hij transfervrij de overstap naar Club Necaxa, actief in de Mexicaanse Ascenso MX.
Club Necaxa
Chili
Costa Rica – Chili 
China – Chili 
Argentinië – Chili 
Uruguay – Chili 
CR Flamengo
Venezuela – Chili 
Spanje – Chili 
Engeland – Chili 
Duitsland – Chili