Het zwart boshoen (M. freycinet) is nu de soort die voorkomt in bossen, moerassen en mangroven in Indonesië op de Molukken en Raja Ampat-eilanden en daarnaast worden meer dan tien Megapodiussoorten onderscheiden. Over de indeling van deze soorten is geen consensus. Het cladogram van het Tree of life-project geeft een indruk van de onderlinge relaties tussen de soorten volgens recent onderzoek.