Keita speelde tijdens het seizoen 2013/14 bij FC Istres in de Ligue 2, waarvoor hij debuteerde op 22 november 2013 tegen Nîmes Olympique met een doelpunt en een assist. In 23 competitieduels voor die club zou hij vier keer scoren. Wel degradeerde Istres naar de Championnat National.
In 2014 werd Keita voor anderhalf miljoen euro naar het Oostenrijkse Red Bull Salzburg getransfereerd, waar hij zijn handtekening zette onder een vijfjarig contract. Op 26 juli 2014 debuteerde hij in de Oostenrijkse Bundesliga tegen Wiener Neustadt. Het eerste Europese duel van Keita speelde hij vier dagen later, in de derde kwalificatieronde van de Champions League tegen FK Qarabağ. Zijn eerste Europese doelpunt scoorde hij in de groepsfase van de Europa League tegen Celtic op 27 november. Keita zou in het seizoen 2014/15 de Oostenrijkse dubbel winnen met Red Bull Salzburg door de Bundesliga en de ÖFB-Cup te winnen. Keita scoorde in het hele seizoen zes keer in 44 duels. In het seizoen daarna werd opnieuw beide prijzen gewonnen en werd Keita de 'Austrian Bundesliga Player of the Year'[2] door bij 20 competitiedoelpunten betrokken te zijn.
In de zomer van 2018 vertrok Keita naar RB Leipzig voor zo'n 30 miljoen euro. De Duitse club was net gepromoveerd naar de Bundesliga. In zijn debuutwedstrijd scoorde Keita het enige doelpunt tegen Borussia Dortmund. Later zou hij nog zeven doelpunten maken waarmee hij een behoorlijk aandeel had aan de tweede plaats in de Bundesliga. Naby Keita werd daardoor ook opgenomen in de 'Bundesliga Team of the Season' met o.a. teamgenoot Forsberg.[3] In het seizoen 2017/18 eindigde RB Leipzig op de zesde plaats in de Bundesliga. In de Europa League bleek de kwartfinale het eindstation, wel werd Keita opgenomen in de 'Team of the Season' van de Europa League dat seizoen.[4] In alle competities scoorde hij negen keer keer en gaf hij zeven keer de assist.
Op 27 augustus 2017 tekende Naby Keita een contract voor vijf seizoenen bij Liverpool, dat gebruik maakte van een clausule in het contract van Keita bij Leipzig. Dat ging pas in op 1 juli 2018, waardoor Keita nog een jaar bij in Duitsland zou spelen.[5] Bij de Engelse ploeg debuteerde Keita tegen West Ham United. Zijn eerste doelpunt voor Liverpool scoorde hij in de competitiewedstrijd Southampton op 5 april 2019. Vier dagen later wist de middenvelder ook te scoren in de kwartfinale van de Champions League tegen FC Porto.
Keita debuteerde op 28 juli 2013 in het Guinees voetbalelftal in een kwalificatiewedstrijd voor het African Championship of Nations 2014 tegen Mali (1–0 winst). In het najaar van 2014 kwalificeerde hij zich met Guinee voor het Afrikaans kampioenschap voetbal 2015 in Equatoriaal-Guinea; op het toernooi, gespeeld in januari 2015, was hij een vaste waarde in het elftal. Guinee speelde alle groepsduels met 1–1 gelijk, wat voldoende was voor een plaats in de kwartfinale. Op 1 februari 2015 werd die kwartfinale verloren van Ghana (0–3). Keita maakte op 12 november 2015 zijn eerste interlanddoelpunt in een kwalificatiewedstrijd voor het wereldkampioenschap voetbal 2018 tegen Namibië. Na een halfuur maakte hij het enige doelpunt van de wedstrijd. In de tweede wedstrijd tegen Namibië, drie dagen later, was Keïta opnieuw trefzeker. Met een 3–0 overwinning over twee duels was Guinee verzekerd van een plaats in de volgende ronde van het kwalificatietoernooi.