Machado speelde in de jeugdopleiding van FC Porto en speelde eerst in het belofteteam van de club, alvorens hij onder coach José Mourinho doorbrak in het eerste elftal. Tot constant speeltijd kwam het echter niet en achtereenvolgens werd de middenvelder op huurbasis gestald bij Estrela Amadora, União Leiria en Leixões. In 2008 werd hij verhuurd aan het Franse Saint-Étienne, als onderdeel van de transfer van Fredy Guarín naar Porto.[1] Op 2 juli 2009 verkaste Machado naar Toulouse, waar hij een vierjarige verbintenis ondertekende.[2] Drie jaar later maakte hij de overstap naar Olympiakos.[3] Machado tekende een contract van drie jaar met de Kroatische club Dinamo Zagreb begin juni 2014.[4] Medio 2017 verliet de Portugees Dinamo waarop hij ging voetballen voor Aves.[5] Hier speelde de middenvelder één seizoen, waarna Mumbai City hem aantrok.[6] Medio 2020 keerde Machado terug naar Portugal, waar hij opnieuw voor Leixões ging spelen.[7] Een jaar later liep zijn contract af en besloot Machado op vijfendertigjarige leeftijd een punt te zetten achter zijn actieve loopbaan.[8]