In 1991 won Santana de nationale beker, het eilandkampioenschap en het landskampioenschap. Hoewel GD Os Operários in 1998 landskampioen werd, werd toch Santana FC aangewezen voor de Afrikaanse Champions League van 1999 waarin de club gekoppeld werd aan Sony Elá Nguema uit Equatoriaal-Guinea. Doordat Santana zich terug trok plaatsten de Equatoriaal-Guineeërs zich voor de volgende ronde. De laatste jaren boekt Santana wat wisselende resultaten.[1][2][3][4][5]