Het spel speelt zich af in december 2047 (of in 2042 volgens de Japanse versie). 80% van de Euraziatische bevolking is door toedoen van een in Rusland ontwikkeld chemische wapen genaamd Alpha-Lucipher gestorven. Een half mechanische levensvorm heeft de aarde geïnfiltreerd verschijnt op het kunstmatige eiland "Neo Kobe City" met als doel mensen te vermoorden en hun plek in te nemen. Niemand weet precies wat het is of waar het vandaan komt. De speler speelt Gillian Seed een werknemer met geheugenverlies. Hij maakt onderdeel uit van een speciale brigade genaamd JUNKERs (Judgement Uninfected Naked Kind and Execute Ranger in de Japanse versie; Japanese Undercover Neuro Kinetic Elimination Ranger in de Engelse versie). Deze brigade heeft als doel om Snatchers te identificeren en uit te schakelen. Het identificeren van Snatchers is een lastig karwei omdat iedereen het kan zijn en ze een perfecte kopie van mensen zijn. De speler kan interacteren met de omgeving. Zo kunnen in kamers voorwerpen bekeken worden.
26 november 1988
