Endo begon zijn carrière bij Shonan Bellmare. In vijf jaar speelde hij er 153 competitiewedstrijden. In 2016 tekende Endo een contract bij Urawa Red Diamonds. In 2018 zette hij zijn carrière verder bij de Belgische eersteklasser Sint-Truidense VV, dat sinds 2017 in Japanse handen was.[1] In zijn eerste wedstrijd scoorde hij al na drie minuten de gelijkmaker tegen KRC Genk.[2]
Endo begon het seizoen 2019/20 bij STVV, maar maakte in augustus 2019 op huurbasis de overstap naar de Duitse tweedeklasser VfB Stuttgart.[3] Na een moeilijk begin werd Endo vanaf november 2019 een onbetwistbare basisspeler bij Stuttgart, waarop de club hem in april 2020 definitief overnam van STVV. De Duitse club, die op het einde van het seizoen naar de Bundesliga promoveerde, betaalde 1,7 miljoen euro voor de Japanse middenvelder.[4]