Hij genoot zijn jeugdopleiding bij Helchteren VV en KRC Genk. In augustus 2002 debuteerde hij op 16-jarige leeftijd in het eerste elftal van KVV Overpelt-Fabriek, in de Belgische derde klasse. Van 2003 tot 2006 vormde de jonge linkerflankspeler naast routiniers Mirek Waligora, Marcos Pereira en Philip Haagdoren, de aanvalslinie van de nieuwe fusieclub KVSK United. In 2006 tekende Wouter Scheelen een driejarig profcontract bij eersteklasser KVC Westerlo, dat nadien verlengd werd voor nogmaals drie seizoenen. Wouter Scheelen werd tussentijds uitgeleend aan KVSK United en in het seizoen 2010-2011 aan Oud-Heverlee-Leuven. In de titelmatch Antwerp-OH Leuven maakte hij het beslissende doelpunt, waardoor OHL promoveerde naar de Jupiler Pro League. In 2011-2012 kwam Wouter Scheelen uit voor Fortuna Sittard in de Nederlandse Eerste Divisie. Hij werd door de Fortuna-supporters bedankt met de titel Speler van het Jaar. Vanaf het seizoen 2012-2013 keerde Wouter Scheelen terug naar Lommel United. Met 330 officiële wedstrijden op de teller en 61 doelpunten is Wouter Scheelen recordhouder én topschutter (in alle competities) voor de club(s) KVSK United-Lommel United-Lommel SK. [1]
Medio 2018 trok K. Bocholt VV, dat uitkomt in de tweede amateurliga, de ervaren spelverdeler over de streep. In de voorbereiding op het seizoen 2020-2021 raakte hij gekwetst en miste de start van het seizoen. Enkele weken later werd van overheidswege beslist omwille van corona het volledige seizoen te annuleren. Scheelen was een tijd lang aanvoerder bij Lommel United en Bocholt VV, hij speelde 20 seizoenen in de nationale reeksen. In totaal speelde hij bijna 500 competitiewedstijden.
In 2022 hing hij de voetbalschoenen aan de haak en werd hij T2 bij Bocholt.[2]
.svg){kind=small}
België
Fortuna Sittard