Rota speelde in totaal drie officiële interlands voor Zwitserland. Onder leiding van toenmalig bondscoach Enzo Trossero maakte hij zijn debuut op 15 november2000 in de vriendschappelijke wedstrijd in Tunis tegen Tunesië (1-1), net als Jörg Stiel (FC St. Gallen) en André Muff (FC Basel). Een paar maanden later, op 25 april2001, volgde zijn derde en laatste optreden voor de Zwitsers: een invalbeurt in de vriendschappelijke wedstrijd tegen Zweden (0-2).