Overleg:Junk-DNA

Inhoud en naam van dit artikel zijn voor een belangrijk deel achterhaald

Zie bijvoorbeeld Junk-DNA codeert tóch en EN:Noncoding DNA AvB 26 jul 2010 15:43 (CEST)

mee eens. Ik stel voor dat deze opmerking in ieder geval in de samenvatting wordt genoemd.Turtletuc (overleg) 20 jan 2014 11:30 (CET)

Essayistisch

Dat 'junk-DNA' een achterhaalde, controversiële term is, is inmiddels zelf ook een beetje achterhaald. Het is natuurlijk een aantrekkelijke gedachte om te stellen dat veel van ons niet-coderend DNA toch op een bepaalde manier nuttig is. De realiteit is echter niet zo spannend: bijna al het niet-coderend DNA in eukaryoten is vrijwel zeker overbodige rommel. Weliswaar behouden in de evolutie, echter niet omdat het een functie heeft, maar omdat er geen selectiedruk ligt op het 'klein houden' van genomen. Het is makkelijker om alle erfelijke informatie te repliceren en over te erven, dan om alleen de nuttige delen uit te kiezen en de rest weg te gooien.

Enkele uitzonderlijke eukaryotische soorten, zoals de kogelvis (Fugu), hebben vrijwel al hun niet-coderend DNA verloren. Desondanks hebben deze soorten een lichaamsbouw, gedrag en fitness die vergelijkbaar is met hun naaste verwanten met veel meer DNA. Zulke spelingen van de natuur onderstrepen de misbaarheid/nutteloosheid van gigantische genomen die zo kenmerkend zijn voor hogere dieren en planten.

Ik vind dat dit feit te weinig tot uitdrukking komt in dit artikel. Het voelt een beetje essayistisch aan. TheBartgry (overleg) 12 mei 2024 01:17 (CEST)

Hi The Bartgry,

Over de achterhaaldheid van de term en het concept junk-DNA is het volgende te zeggen. Voor jaren bestond er een academische discussie over junk-DNA. Het is ook in een encyclopedie van belang dat historische feiten in biologie opgenomen worden in Wikipedia, ook al zijn ze misschien niet meer actueel. De encyclopedie staat vol met geschiedenis op andere terreinen, dus waarom zou deze intense en belangrijke discussie achterhaald zijn? Daar is bovendien over op te merken dat de laatste referentie in het artikel naar het boek van Moran, dat uitsluitend over junk-DNA gaat, uit 2023 dateert en dus heel recent is.

Al deze junk/rommel vormt hoe dan ook een raadsel. Natuurlijke selectie heeft deze rommel niet opgeruimd. Hoe moet dit materiaal beschouwd worden? Als een spandrel? Is het echt makkelijker om alle erfelijke informatie te repliceren en over te erven, dan om alleen de nuttige delen uit te kiezen en de rest weg te gooien? Voor mij is dit niet zo duidelijk, als je bedenkt dat natuurlijke selectie normaal gesproken levensprocessen en structuren stroomlijnt.

Veel retrotransposons en transposons (die deel uitmaken van het junk-DNA) zijn gerelateerd aan virussen. Er bestaan verschillende essentiële eiwitten in de mens die afgeleid zijn van virussen. Het zou heel goed kunnen dat dit junk-DNA als kraamkamer fungeert voor nieuwe genen. Dit laatste is een persoonlijke opvatting en zou inderdaad essayistisch zijn en niet in een encyclopedie thuishoren. Dat betekent wel dat de nutteloosheid van junk, die hoe dan ook uitdrukkelijk besproken wordt, niet extreem benadrukt en als vaststaand feit voorgesteld wordt. Ik ben zelf een groot fan van Moran en zijn ideeën over junk-DNA, waarvan hij zegt dat dit wel degelijk bestaat en voornamelijk zonder functie is. Mocht ook jij dat meer willen benadrukken, dan verzoek ik je vriendelijk om tekst toe te voegen en zo mogelijk niet te vervangen. Dank voor je kritische beschouwing van dit artikel. -- Phacelias _overleg🐝‍ 12 mei 2024 13:50 (CEST)

Je hebt zeker gelijk dat de discussie an sich beschreven moet worden. Mijn punt is dat het nu niet helemaal evenwichtig is, met enkele kleine aanpassingen is dat te verhelpen :). Dat natuurlijke selectie de zaken op moleculair niveau stroomlijnt, lijkt me nogal wankel onderbouwd. Je gaat een beetje voorbij aan het argument: er zijn organismen met zeer compacte genomen die bijna al hun niet-functionele DNA verloren hebben (purifying selection), maar zij hebben dezelfde fitness als hun verwanten met veel meer DNA. Omgekeerd zijn er ook organismen, zoals gerst, die een bijna eindeloos lang genoom hebben met meer dan 80% repetitieve gedeelten/transposons. Zij hebben niet per definitie een beter evolutionair succes. Met andere woorden: het is niet per se goed of slecht om een groot genoom te hebben. Dat transposons een aandrijver kunnen zijn van evolutie (dat is zeker waar; het heet transposon domestication), doet verder niet zoveel af aan het feit dat een groot deel van het niet-coderend DNA nog steeds misbaar is. TheBartgry (overleg) 12 mei 2024 19:22 (CEST)

Dankjewel ook voor de interessante tweede referentie. Ik heb hem niet helemaal gelezen, wat ik zeker zal doen voordat ik nog iets toevoeg aan het Wikipedia artikel over junk-DNA. Een toepasselijke passage in onze discussie is de volgende:

It is in part failure to realize or reluctance to accept that evolution by natural selection operates independently (and sometimes oppositely) at different levels of the biological hierarchy (gene, cell, organism, species) that compels many molecular biologists to deny that much of our genomes can have an evolutionary agenda independent of, or even hostile to, our own, organism-level trajectory.

Inderdaad kan er bijvoorbeeld sprake zijn van selfish DNA. In dat licht heeft het idee van een ‘stroomlijnende’ natuurlijke selectie inderdaad geen waarde.

Zoals in je referentie van Doolittle en Brunet wordt geschreven kan junk als chromosoom of DNA een rol hebben in de architectuur van de celkern (of bijvoorbeeld gedurende de meiose en nog meer tijdens de bevruchting, voeg ik toe). Het is bovendien moeilijk voor te stellen, dat een organisme waarbij het junk weggehaald wordt levensvatbaar zou zijn, en dat is niet hetzelfde als een vergelijking maken tussen dieren met veel en dieren vrijwel zonder junk DNA. De onion-test is niet bedoeld om te zeggen dat we rustig zonder junk DNA zouden kunnen, maar is een gedachte experiment om, in het geval je zou aantonen dat junk DNA (bij de mens) een functie heeft, je dat ook zou moeten doen voor het enorme genoom van de ui.

Ik wil wel duidelijk maken dat het laatste kopje in ons Wikipedia artikel grotendeels door een andere gebruiker is geschreven. Mijn bijdrage aan eventuele beweringen over de mogelijke functies van wat tot dan toe junk DNA genoemd werd (zoals door ENCODE - dit is wel door mij toegevoegd) zijn genoemd om de 'andere kijk’ ook te vertegenwoordigen in het artikel. En dit zou inderdaad moeten blijven staan.

Begrijp ik goed dat je het gebrek aan of de afwezigheid van nut van het junk-DNA meer wilt benadrukken? Dat is natuurlijk geen probleem, maar het stukje over ENCODE moet er om bovengenoemde redenen wel in blijven staan.

Als jij graag wat wilt toevoegen, dan kan dat natuurlijk. Phacelias _overleg🐝‍ 13 mei 2024 14:14 (CEST)