Fernandez speelde drie interlands voor Zwitserland. Onder leiding van bondscoach Roy Hodgson maakte hij zijn debuut op 8 maart1995 in de vriendschappelijke uitwedstrijd tegen Griekenland (1-1), net als Johann Vogel (Grasshopper-Club). Fernandez nam in dat duel de enige treffer van de Zwitsers voor zijn rekening.