Wilkie speelde elf officiële interlands voor het Schots voetbalelftal. Hij maakte zijn debuut op 20 mei2002 in de vriendschappelijke wedstrijd tegen Zuid-Afrika (2-0). Hij viel in dat duel na 45 minuten in voor Gary Caldwell. Zijn eerste en enige interlandtreffer scoorde hij op 29 maart2003, toen hij de winnende goal maakte in de EK-kwalificatiewedstrijd tegen IJsland (2-1).