Op 6 december1967 werd Seeger door de Oost-Duitse voetbalbond aangesteld als opvolger van de Hongaarse trainer-coach Károly Sós. Onder zijn leiding speelde Oost-Duitsland in totaal vijftien (inclusief officieuze) interlands: vijf overwinningen, vijf gelijke spelen en vijf nederlagen. Nadat de DDR op 22 november1969 door Italië werd uitgeschakeld voor deelname aan het WK voetbal 1970 moest Seeger op 1 januari1970 plaatsmaken voor Georg Buschner. Seeger ging daarna aan de slag bij 1. FC Union Berlin.