Als trainer was Thijssen actief bij de jeugd van Sportclub N.E.C. en bij het KNVB-district Oost (jeugd, meisjes). In het seizoen 2016/17 was ze trainer van Achilles '29 dat debuteert in de Eredivisie en is ook verantwoordelijk voor de technische invulling van het vrouwenvoetbal bij de club.[2] Vanaf het seizoen 2017/18 is Thijssen assistent-trainer bij VV Alverna.[3]