Dubois speelde in de jeugd van Saint-Gemmes d'Andigne en Segré Haut-Anjou en kwam hierna terecht in de opleiding van FC Nantes. Deze doorliep hij en hij brak ook door bij die club. Op 9 mei 2015 maakte de verdediger zijn debuut in het eerste elftal. Op die dag werd met 2–1 verloren van Girondins de Bordeaux. Via een benutte strafschop van Jordan Veretout kwamen de bezoekers op voorsprong, maar door twee treffers van Diego Rolán (waarvan één strafschop) won Girondins. Dubois begon aan het duel als wisselspeler en hij mocht van coach Michel Der Zakarian zeven minuten voor het einde van de wedstrijd invallen voor Kian Hansen.[1] Zijn eerste doelpunt volgde op 24 september 2017, tijdens een overwinning op RC Strasbourg (1–2). Tijdens dit duel zette Nuno da Costa de thuisploeg op voorsprong maar door goals van Adrien Thomasson en Dubois kwam Nantes nog voor het halve uur op voorsprong.[2] In januari 2018 legde Olympique Lyon de vleugelverdediger transfervrij vast voor het seizoen 2018/19.[3] Dit contract werd tussentijds nog verlengd maar na vier seizoenen vertrok Dubois toch definitief uit Lyon, toen hij voor circa tweeënhalf miljoen euro overstapte naar Galatasaray en daar voor drie jaar tekende.[4] In september 2023 huurde Istanbul Başakşehir hem voor het seizoen 2023/24.[5]