Traditioneel werden krokodillen en alligators beschouwd als nauwer verwant en gegroepeerd in de clade Brevirostres, met uitsluiting van de gavialen. Deze classificatie was gebaseerd op morfologische studies die voornamelijk gericht waren op het analyseren van skeletkenmerken van levende en uitgestorven fossiele soorten. Recente moleculaire studies met behulp van DNA-sequencing hebben Brevirostres echter verworpen na de ontdekking dat de krokodillen en gavialen nauwer verwant aan elkaar verwant zijn dan aan de alligators.
Hieronder is een cladogram dat de verwantschappen toont van de belangrijkste krokodilachtige groepen op basis van moleculaire studies: