Hepner kwam in totaal dertien keer uit voor de nationale ploeg van Estland. Hij maakte zijn debuut onder leiding van bondscoach Uno Piir in de eerste officiële interland van het Baltische land sinds de onafhankelijkheid van de Sovjet-Unie: een vriendschappelijk duel op 3 juni1992 tegen Slovenië (1-1) in Tallinn. Hepner droeg de aanvoerdersband in die wedstrijd.