Khoudir Aggoune (Souk El Temire, 5 januari1981) is een Algerijnse langeafstandsloper, die is gespecialiseerd in de 5.000 m en het veldlopen. Tweemaal nam hij deel aan de Olympische Spelen en behaalde hierbij geen medaille.
Hij werd viermaal Algerijns kampioen op de 5.000 m en tevens viermaal kampioen van zijn land in het veldlopen (korte afstand). Khoudir Aggoune is ook nationaal recordhouder op de 10.000 m.
In 2004 nam Aggoune een eerste keer deel aan de Olympische Spelen van Athene. In de halve finale liep hij een tijd van 13.29,37. Hiermee haalde hij de finale niet. Vier jaar later kon hij zich kwalificeren voor de Olympische Spelen van Peking, maar hij verscheen niet aan de start van de 10.000 m.