Als clubtrainer was Bianci erg succesvol en is de meest succesvolle hoofdtrainer van Boca Juniors ooit, waarmee hij vier Argentijnse landstitels, drie CONMEBOL Libertadores-titels en tweemaal de wereldbeker voor clubteams won. Met Vélez Sarsfield won hij als hoofdtrainer driemaal de Argentijnse landstitel, eenmaal de CONMEBOL Libertadores, eenmaal de wereldbeker voor clubteams en eenmaal de Copa Interamericana. Zowel bij Roma in 1996 als met Atlético Madrid in 2005 werd Bianchi binnen een seizoen ontslagen. Na zijn ontslag bij Atletico gaf Bianchi aan te stoppen met zijn werkzaamheden als hoofdtrainer. In 2008 werd hij sportief directeur bij Boca Juniors, een functie die hij twee jaar later voor bekeken hield. Eind 2012 maakte hij bij diezelfde club zijn comeback als trainer.