Perrin komt uit de jeugdopleiding van Saint-Étienne. Hij maakte in 2003 zijn debuut in het eerste elftal van de club. Na het vertrek van Julien Sablé in 2007 werd hij benoemd tot aanvoerder van Saint-Étienne. Perrin speelde bij voorkeur als centrale verdediger, maar deed eerder ook dienst als rechtsachter en als defensieve middenvelder.