Müller speelde zijn gehele loopbaan voor Dynamo Dresden. Met die club won hij drie keer de landstitel en eenmaal de nationale beker van de DDR. Na de winterstop van het seizoen 1980/81 werd hij door de Oost-Duitse autoriteiten uitgesloten van verdere deelname aan de DDR-Oberliga, omdat Müller vluchtgevaarlijk zou zijn. Hetzelfde lot trof zijn collega-voetballers Gerd Weber en Peter Kotte.