Jakob Ahlmann Nielsen maakte zijn debuut in het professionele voetbal op 16 mei 2010 in de wedstrijd tegen HB Køge. Pas in het seizoen 2013/14 wist hij pas voor de eerste maal te scoren voor zijn club, dat was in de wedstrijd tegen Viborg FF
Jakob Ahlmann kwam voor verschillende vertegenwoordigende elftallen van Denemarken uit. Op 22 mei 2014 debuteerde hij voor Denemarken in de wedstrijd tegen Hongarije.