Vallner speelde voor de jeugd van JK Loo, FC Flora Tallinn en JK Kalev Tallinn. Voor deze laatste ploeg maakte hij zijn profdebuut in 2014 en was hij gedurende een tijd aanvoerder. In 2021 maakte hij de overstap naar FCI Levadia.
Hij speelde ook al voor verschillende jeugdploegen van Estland.