Na zijn loopbaan als speler werd Herrera, niet geheel verrassend, coach bij CF Atlante. Aldaar stapte hij na twee jaar op en verkaste hij naar CF Monterrey, waar hij na drie seizoenen op straat gezet werd vanwege tegenvallende resultaten.[1] Via CD Veracruz en Estudiantes Tecos keerde de coach in 2010 terug bij CF Atlante. Op 16 november 2011 tekende hij voor zes maanden bij Club América.[2] Op 14 mei van het jaar erna werd hij officieel aangesteld als trainer van de club.[3] Na in 2013 het landskampioenschap behaald te hebben met América, werd hij op 13 oktober 2013 aangesteld als nieuwe bondscoach van Mexico.[4] In zijn eerste maanden versloegen de Mexicanen Nieuw-Zeeland en kwalificeerden zij zich voor het WK 2014.