Atlético Madrid C werd opgericht in 1974 en speelt in het seizoen 2006/07 voor het elfde achtereenvolgende jaar in de Tercera División.
De hoogst behaalde klassering was een 4e plaats in het seizoen 1998/99. De laatste seizoenen gaat het bergafwaarts en vecht het team tegen degradatie.
Onder de naam Atlético Aviación behaalde Atlético Madrid haar eerste landstitels in de seizoenen 1939/40 en 1940/41.