In 1985 startte Shimojo zijn trainerscarrière bij zijn Nissan Motors. Tussen 1992 en 1994 trainde hij Nissan FC Ladies (de vrouwenvoetbalclub van Yokohama F. Marinos). In 1995 werd hij bij Yokohama Flügels assistent-trainer. In 1996 keerde hij weer terug naar zijn oude club Marinos. In 2001 en 2002 werd hij bij Marinos trainer.[1]