In het seizoen 2012-2013 was Beugnies van oktober tot februari en enkele weken in april trainer van FC Brussels. Het volgende seizoen werd Beugnies opnieuw hoofdcoach van de club, die omgedoopt was tot RWDM Brussels FC. In januari 2014 verliet hij de club omdat hij zijn andere job niet wou opgeven.
Vanaf het seizoen 2014-2015 is hij hoofdtrainer bij RAEC Mons.