De club werd in 1989 opgericht en won in 1991, toen nog Metalloerg Molodetsjno geheten, de laatste editie van het kampioenschap van de SSR Wit-Rusland. Vanaf 1992 nam de club deel aan de Opperste Liga, de hoogste divisie in het onafhankelijke Wit-Rusland. In 1999 degradeerde FC Molodetsjno, maar werd een jaar later kampioen in de Persjaja Liha. In 2003 degradeerde de club opnieuw en een jaar later degradeerde Molodetsjno direct door naar het derde niveau (Droehaja Liha) waarop de club sindsdien speelt.
