De club ontstond in 1950 als BSG Fortschritt Malchow na een fusie tussen BSG Tufama en SG Malchow. De club speelde geen belangrijke rol in het DDR-tijdperken slaagde er nooit in te promoveren naar de DDR-Liga, de tweede klasse.
Na de Duitse hereniging werd de naam Malchower SV 90 aangenomen. De club speelde voornamelijk in de Verbandsliga en promoveerde in 2009 naar de Oberliga.