Ecuele Manga speelde bij Footbal Canon 105 Libreville, een club uit zijn geboortedorp in de Gabonese hoofdstad Libreville. Daar werd hij ontdekt door scouts van Girondins Bordeaux. Hij speelde tussen januari 2008 en juli 2008 een tijdje bij Rodez AF om te wennen aan het Franse voetbal. Nadat zijn contract afliep tekende hij bij Angers SCO. Op 5 juli 2010 werd hij voor €2,5 miljoen verkocht aan Lorient, dat in hem een ideale vervanger zag voor de naar Arsenal vertrokken Laurent Koscielny. Ecuele Manga tekende een vijfjarig contract bij Lorient, waar hij later aanvoerder werd. Op 31 augustus 2014 tekende hij driejarig contract bij Cardiff City FC.