César komt uit de jeugd van CA Sorocaba. In 2013 werd hij uitgeleend aan AA Ponte Preta, om nadien definitief de overgang te maken naar de club uit Campinas. Op 2 juli 2014 werd de transfer van César naar SL Benfica bekend, hij zou rond de 3 miljoen euro gekost hebben. César tekende een vijfjarig contract bij de regerend landskampioen.