Francisco Javier Cortés (25 oktober1971) is een Spaanse langeafstandsloper, die gespecialiseerd is in de marathon. Hij vertegenwoordigde zijn land bij verschillende wereldkampioenschappen, maar won hierbij geen medailles. Hij is het meest bekend voor zijn overwinning bij de marathon van Amsterdam.
In 1996 debuteerde hij op de marathon met een tijd van 2:18.24 bij de marathon van Turijn. Bij de marathon Rotterdam in 1999 werd hij achtste en verbeterde zijn persoonlijk record tot 2:09.41. In 2000 werd hij tweede in 2:08.30 bij dezelfde wedstrijd en won de marathon van Amsterdam in 2:08.57. In 2001 verbeterde hij zijn persoonlijk record verder tot 2:07.48 en werd hierbij tweede bij de marathon van Hamburg.