Naughton werd op zijn negende opgenomen in de jeugdopleiding van Sheffield United. In juli 2009 betaalde Tottenham Hotspur 6 miljoen euro voor de verdediger. Hij maakte zijn debuut voor Tottenham op 23 augustus 2009, tegen West Ham United. Naughton werd daarna driemaal uitgeleend. Eerst aan Middlesbrough, daarna aan Leicester City en in juli 2011 aan het dan net gepromoveerde Norwich City.
Swansea City nam Naughton in januari 2015 definitief over van Tottenham, dat circa €6.700.000,- voor hem ontving.[1] Hij tekende een contract tot medio 2018 bij de Welshe club.[2]
Interlandcarrière
Naughton speelde negen interlands voor Engeland -21. Hij debuteerde tegen Tsjechië -21. Naughton is ook speelgerechtigd om voor Ierland uit te komen.
Swansea City
· 
· 
·
9 J. Yates ·
11 Ginnelly ·
12 Paterson ·
13 Benda ·
15 Ogbeta ·
16 B. Cooper ·
17 Piroe ·
18 Patino ·
19 Kukharevych ·
20 Cullen ·
21 Tjoe-A-On ·
22 Rusworth ·
23 Wood ·
26 Naughton ·
28 Walsh ·
30 Ashby ·
31 O. Cooper ·
45 Congreve ·
Coach: Duff